支原體肺炎潛伏期2～3周（8～35天），癥狀輕重不一。大多起病不急，有發熱、厭食、咳嗽、畏寒、頭痛、咽痛、胸骨下疼痛等癥狀，以發熱和咳嗽為主要表現。體溫在37℃～41℃，大多數在39℃左右，可為持續性或弛張性，或僅有低熱，甚至不發熱。多數咳嗽重，初期干咳，繼而有痰（偶含少量血絲），有時陣咳稍似百日咳。偶見惡心，嘔吐及短暫的斑丘疹或蕁麻疹。一般無呼吸困難表現，但嬰兒患者可有喘鳴及呼吸困難。重癥病例可合并胸腔積液、肺不張，或發生縱隔積氣、氣胸、壞死性肺炎等。少數病情發展迅速，可出現呼吸窘迫，甚至死亡。

體征依年齡而異，年長兒往往缺乏顯著的胸部體征，嬰兒期叩診可有輕度濁音，呼吸音減低，有濕性啰音，有時可呈梗阻性肺氣腫體征。鐮狀細胞性貧血患兒并發此種肺炎時，癥狀往往加重，可見呼吸困難、胸痛及胸腔積液。

自然病程自數天至2～4周不等，大多數在8～12日退熱，恢復期需1～2周。X線陰影完全消失，比癥狀更延長2～3周之久。偶可見復發。約25%的患兒有其他系統表現，如皮膚、黏膜系統、心血管系統、血液系統、神經系統、消化系統等。大約在起病2天至數周。