巧克力囊腫俗稱子宮內膜異位癥，指在子宮內膜會侵犯患者卵巢的皮質，在其內生長。因為子宮內膜在孕激素周期性的變化和雌激素的影響下，出現周期性的剝落和增生。但是它沒有辦法選擇正確的方法來排出體外，逐漸造成局部堆積，因此容易形成囊腫或小的結節。因為這部分的結節或囊腫表現為紅色、紫藍色或者褐色。

在手術途中打開，會呈現出陳舊巧克力樣的顏色，因此醫學稱呼為巧克力囊腫。巧克力囊腫對卵巢的破壞力比較大，如果患者有盡快懷孕的想法，若因為巧克力囊腫不能懷孕可以選擇對其切除，切除后還需要藥物來輔助治療。