1、干貨保存。燕窩干品可以放在散光下或者通風處晾干，再密封保存，或者加入一包干燥劑，并放在通風無潮的地方保存。若出現發霉現象，可用牙刷清水再風干。

2、濕貨保存。燕窩濕品可以先放入干凈密封，且防水、防油的容器中，再放入冰箱冷藏保存，一般可存放7-14天左右。若因處理不當而出現輕微發霉現象，可用牙刷蘸清水輕輕擦拭，吹干后再保存，不會影響食用；若發霉處已經變黑，就不能食用。

3、成品保存。燕窩在燉煮后沒有食用完，可以放入碗中用保鮮膜密封，直接放入冰箱的保鮮層中存放，但需盡量在3天內食用完。

4、濃縮保存。未開封的燕窩買回后可直接放入冰箱冷藏保存，若開封就需盡快食用完。