在實際生產過程中，為了提高酸奶的風味和質量、延長保質期等，都是采用2種或2種以上的菌種進行混合發酵，而很少用單一菌種發酵。本文對常用的混合發酵進行了總結。

經典混合發酵

這種發酵是用加工酸奶的經典菌種：保加利亞乳桿菌和嗜熱鏈球菌，以1∶1，或1∶2混合發酵。

兩個菌種在發酵特征上具有互補性，做出的酸奶具有兩種菌種的復合保健價值。

雙歧桿菌混合發酵

這種發酵是用雙歧桿菌和保加利亞乳桿菌、嗜熱鏈球菌一起混合發酵。

雙歧桿菌是嚴格的厭氧菌，不能單獨發酵。在混合發酵時，嗜熱鏈球菌先進行生長繁殖，從而消耗牛奶中的氧氣，制造厭氧環境，使保加利亞乳酸桿菌和雙歧桿菌增殖發酵，產生有益的代謝產物。這樣發酵而成的酸奶除了具有普通酸奶的營養價值外，還具有雙歧桿菌的保健價值。

干酪乳桿菌混合發酵

這種發酵是用干酪乳桿菌和保加利亞乳桿菌、嗜熱鏈球菌一起發酵。

干酪乳桿菌具有降低膽固醇水平、控制腹瀉、緩解乳糖不耐癥等益生菌功能。由于干酪乳桿菌的pH值范圍較寬，因此能更順利地到達腸胃，發揮益生菌功效。

嗜酸乳桿菌混合發酵

這種發酵是用嗜酸乳桿菌和保加利亞乳桿菌、嗜熱鏈球菌一起發酵。

嗜酸乳桿菌具有提高巨噬細胞和淋巴細胞的活力，以及幫助消化、維持腸道酸堿平衡等功能。

植物乳桿菌混合發酵

這種發酵是用植物乳桿菌和保加利亞乳桿菌、嗜熱鏈球菌一起發酵。

植物源乳酸菌更適合中國人消化系統，可用于發酵豆花或酸奶。植物乳桿菌主要用于傳統食品發酵，是一種健康的微生物有機食品原料。它在幫助消化的同時，可緩解腸功能紊亂以及預防豆類過敏等。

嗜酸乳桿菌與雙歧桿菌混合發酵

這種發酵是利用雙歧桿菌與嗜酸乳桿菌的互生關系。

嗜酸乳桿菌在生長中需要醋酸鹽、維生素和葉酸等作為營養物質，而雙歧桿菌在發酵中除能生成醋酸外，還能合成維生素B2和葉酸等多種維生素，供給嗜酸乳桿菌的需要，促進嗜酸乳桿菌的生長增殖。嗜酸乳桿菌在微含氧的乳基質中生長快，可以逐步降低乳基質中的氧化還原電位，并提供各種已分解的容易利用的物質，促進雙歧桿菌的生長。同時，混合培養，還可以加快產酸，縮短了凝乳時間，使風味更佳。

嗜酸乳桿菌與乳酪鏈球菌混合發酵

這種酸奶是利用兩菌的某種共生關系來提高產酸速度，縮短發酵時間，并利用后者產生丁二酮特性，從而改善產品風味，使酸奶質地細膩、酸中帶甜、甜中有香。

這種混合菌的發酵最佳發酵條件為：混合菌比例1：2，發酵溫度41℃，接種量3—5%。兩菌混合發酵可有效彌補單純嗜酸乳桿菌乳的風味不足，增強酸乳的適口性；同時，兩菌之間存在某種共生關系，使產酸能力增強，縮短發酵時間。

采用嗜酸乳桿菌與乳酪鏈球菌在上述最佳發酵條件下制作的酸奶，活菌保存期限為7小時，保留了較高嗜酸乳桿菌活菌數量，具有營養保健功能。

嗜酸乳桿菌與其他菌株

酸奶的生產通常所使用的菌種為保加利亞乳桿菌和嗜熱鏈球菌。嗜酸乳桿菌、糞腸球菌為人體腸道內的正常菌群，它們不僅能耐受胃酸及膽汁酸的作用，而且還能在腸道內定殖。

糞腸球菌與胃液混合后進行培養，其存活率分別為59%和37%，而保加利亞乳桿菌和嗜熱鏈球菌的存活率僅有0.65%—0.01%。但是只用嗜酸乳桿菌生產發酵乳制品與用傳統發酵劑生產的產品不同，很難被消費者接受，而與酸奶菌，即嗜熱鏈球菌、保加利亞乳桿菌一起發酵生產，可生產出具有不同營養價值和風味的發酵乳制品，同時還可解決傳統工藝中的問題。